Nel mese di Ottobre 1869 Don Pelczar fu trasferito nel seminario di Przemys’l con l’incarico di prefetto e di professore. Fin d’allora si distinse per la difesa che fece del primato e dell’infallibilità papale, provocando reazioni negli ambienti dominati dai radicali. Un anno dopo, gli fu affidato l’insegnamento della teologia pastorale. Egli molto lo amò, perché gli offriva l’occasione di formare gli alunni allo spirito sacerdotale. Nella primavera del 1873 pubblicò la sua prima opera intitolata: Vita spirituale. Nel 1924 aveva già raggiunto l’ottava edizione. Durante il suo episcopato darà alle stampe altri 42 libri di complessive 27.503 pagine in cui, con grande erudizione, prudenza e sollecitudine pastorale, difenderà la fede cattolica dal modernismo, dal socialismo e dalla massoneria. Nello stesso tempo nei fedeli inculcherà la devozione al S. Cuore di Gesu e alla Vergine SS.
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